Además de la industria alimentaria, las tecnologías anaerobias y aerobias pueden aplicarse también a la industria química y farmacéutica.

Normalmente las aguas residuales de industria química o farmacéutica tienen un alto contenido en contaminación orgánica, limitado únicamente a unos pocos componentes que pueden estar presentes en alta concentración.

Este tipo de efluentes requieren soluciones hechas a medida. Los procesos de Upflow Anaerobic Sludge Blanket (Hydrothane STP^® UASB) y External Circulation Sludge Bed (Hydrothane STP^® ECSB) de Hydro Thane son procesos utilizados en todo el mundo para el tratamiento de este tipo de aguas residuales.

Algunos de los procesos de producción químicos / farmacéuticos en los que se ha aplicado la tecnología anaerobia son:
• Ácido tereftálico purificado (PTA)
• Fenol
• DMT
• Penicilina
• Insulina