除了食品工业，生物厌氧和好氧技术也可以应用于化学和制药工业。

化学和制药废水的典型特征是高有机污染，通常仅限于少数可以高浓度存在的成分。 每个生产场所都有其独特的废水成分。 这些类型的废水需要量身定制的解决方案。

海卓森的上流式厌氧污泥床 (海卓森UASB) 工艺和外循环污泥床 (海卓森ECSB) 工艺是全球公认的处理此类废水的工艺。

一些应用厌氧技术的化学/制药生产工艺是：
• 对苯二甲酸 (PTA)
• 苯酚
• DMT
• 青霉素
• 胰岛素