Εκτός από τη βιομηχανία τροφίμων, βιολογικές αναερόβιες και αερόβιες τεχνολογίες μπορούν να εφαρμοστούν επίσης στον κλάδο των χημικών και φαρμακευτικών βιομηχανιών.
Χαρακτηριστικό για τα υγρά απόβλητα χημικών και φαρμακευτικών προϊόντων είναι η υψηλή οργανική ρύπανση, η οποία συχνά περιορίζεταιμόνο σε λίγα συστατικά που μπορεί να υφίστανται σε υψηλή συγκέντρωση. Κάθε μονάδα παραγωγής έχει το δικό της μοναδικής σύνθεσης εξερχόμενο απόβλητο.
Αυτοί οι τύποι αποβλήτων απαιτούν ιδιαίτερες λύσεις. Οι διεργασίες σε αντιδραστήρες UASB και ECSB της HydroThane είναι παγκοσμίως εφαρμοσμένες με επιτυχία διαδικασίες για την επεξεργασία αποβλήτων της συγκεκριμένης σύστασης.
Μερικές χημικές / φαρμακευτικές διαδικασίες παραγωγής, όπου η αναερόβια τεχνολογία έχει εφαρμοστεί είναι,
- Καθαρό τερεφθαλικό οξύ (PTA)
- Φαινόλη
- DMT
- πενικιλίνη
- ινσουλίνη.